La Direction médicale et qualité dispose de plusieurs structures pluridisciplinaires chargées de soutenir les services des HUG dans leurs activités cliniques de maintien et d'amélioration de la qualité des soins et leurs activités de recherche.
- Le Service Prévention et Contrôle de l'Infection (Vigigerme) : il implante des méthodes d'évaluation dans le domaine de la prévention et du contrôle de l'infection. Il émet des recommandations relatives à la prévention des infections nosocomiales. Il est dirigé par le Professeur Stephan Harbarth.
- Le Service Qualité des Soins (SQS), apporte un support méthodologique aux services cliniques dans le domaine de la qualité des soins et des processus cliniques. Il est dirigé par le Pr Guy Haller.
- Le Service des mesures institutionnelles (SMI) est composé de trois unités et d'un programme: l'Unité hospitalière de psychiatrie pénitentiaire (UHPP), l'Unité de mesures en milieu fermé Curabilis et l'Unité de mesures en milieu ouvert et du programme "traitements ambulatoires". Il est dirigé par le Professeur Pandelis Giannakopoulos.
- La pharmacie : elle approvisionne en médicaments l'ensemble des services de soins des HUG (achat, stockage, distribution), met en oeuvre une traçabilité du flux jusqu'à l'administration au patient, assure une production et une préparation de médicaments personnalisées lorsque ceux-ci ne sont pas disponibles sur le marché et contribue à la sécurité et à l'économicité d'utilisation des médicaments. Elle est dirigée par le Professeur Pascal Bonnabry.
La Direction médicale et qualité peut fonder ses décisions à l'aide du concours de plusieurs commissions, dont deux jouent un rôle clé dans la politique institutionnelle des soins et de la recherche:
- le Conseil d'Ethique Clinique (CEC) sous la présidence de la Professeure Bara Ricou.
- la Commission Cantonale d'Ethique de la Recherche (CCER) sous la présidence du Professeur Bernard Hirschel.