Au sein des HUG, toutes les aumôneries sont placées sous la responsabilité de la Direction des affaires extérieures (DAE). Elle coordonne l'activité des aumôneries en interne et favorise les liens entre l'hôpital et leurs équipes.
Les aumôneries catholique (romaine) et protestante assurent une présence principalement sur le site de Cluse-Roseraie et sur la quasi-totalité des autres sites de l'hôpital.
Les aumôneries catholique-chrétienne, chrétienne orthodoxe, juive et musulmane fonctionnent sur appel uniquement.
Les aumôneries aux HUG font partie :
- du Pôle santé de l'Église protestante de Genève qui coordonne tous les ministères dont la mission essentielle est l'accompagnement des personnes au sein des HUG, cliniques privées, EMS et des prisons.
- de la Pastorale de la santé de l'Église catholique romaine réunissant les aumôneries des différents sites hospitaliers, des cliniques privées et des EMS du canton de Genève. Elle est un lieu d'échange et de formation. Son bureau porte le souci de pourvoir à tous les postes d'aumônerie en lien avec les structures de l'Église catholique romaine à Genève.