Il s’occupe principalement du diagnostic de routine hospitalier.
L’activité diagnostique est assurée par le laboratoire de virologie des HUG, qui abrite le Centre national de référence de l’influenza (la grippe) (CNRI), le Centre de référence national pour les infections virales émergentes (CRIVE) en Suisse et le Centre national de référence pour la rougeole et la rubéole (CNRRR). Ainsi, le Centre des maladies virales émergentes est équipé d'un laboratoire de biosécurité P3 et P4D, un environnement hautement sécurisé permettant la manipulation d'agents pathogènes de catégorie 3 pour le diagnostic et la recherche, et de classe 4 pour le diagnostic.