Il s’occupe principalement du diagnostic de routine hospitalier.
L’activité diagnostique est assurée par le laboratoire de virologie des HUG, qui abrite le Centre national de référence de l’influenza (la grippe) (CNRI), le Centre de référence national pour les infections virales émergentes (CRIVE) en Suisse et le Centre national de référence pour la rougeole et la rubéole (CNRRR). Ainsi, le Centre des maladies virales émergentes est équipé d'un laboratoire de biosécurité P3 et P4D, un environnement hautement sécurisé permettant la manipulation d'agents pathogènes de catégorie 3 pour le diagnostic et la recherche, et de classe 4 pour le diagnostic.
Le centre a pour mission première d’assurer le plus rapidement possible, et pour toute la Suisse, le développement, la validation et la mise en application de tests de laboratoire permettant de diagnostiquer une infection par un virus émergent chez l’humain.
L’objectif du centre est de détecter le plus rapidement possible de nouvelles souches grippales qui pourraient déclencher une nouvelle pandémie.
Le centre de référence national pour influenza est également responsable de la surveillance des souches grippales Suisse et s’occupe de séquencer et caractériser les souches circulantes.
A la fois désigné par l’OFSP et par l’OMS comme laboratoire de référence, ce projet a pour but la surveillance épidémiologique en Suisse de la rougeole et rubéole et la mise à disposition de données de séquençage dans des bases de données mondiales permettant ainsi d’intégrer les résultats obtenus en Suisse dans un contexte global.