Le suivi des variants est assuré par séquençage dans le cadre du programme national de séquençage du SARS-CoV-2.
Pour permettre un suivi de ces variants quasiment en « temps réel », et s’affranchir d’obtention des résultats du séquençage, le laboratoire de virologie des HUG a régulièrement réalisé des tests de PCR supplémentaires sur les échantillons pos
Cette stratégie a permis de surveiller de près l’alternance des différents des différents variants au cours du temps, offrant une description rapide et précise du contexte épidémiologique, mais a aussi eu des conséquences thérapeutiques directes pour le choix de certains traitements (les anticorps monoclonaux utilisés dans la prévention de l’évolution contre la maladie sévère ou chez les patients hospitalisés avec une pneumonie).
Suivi des variants par recherche de mutations spécifiques par PCR
Ainsi, grâce une PCR supplémentaire réalisée sur une sélection d’échantillons positifs dont la charge virale le permettait (valeur Ct < 32), le suivi de la fréquence de la mutation N501Y a permis de mettre en évidence l’arrivée du premier variant d’intérêt, le variant Alpha, dès décembre 2020. A l’été 2021, Delta a rapidement remplacé ce variant Alpha en l’espace de quelques semaines. Cette évolution a pu être suivie par la recherche de la mutation L452R, réalisée par notre laboratoire. Le séquençage a rapidement pu confirmer ces données.
Suivi des variants par PCR « S-gene dropout »
En plus, depuis le début de la pandémie, une mutation entraînant une délétion, a la conséquence de provoquer l'incapacité d'amplifier la cible du gène S, appelée « S-gene dropout », dans un test PCR (TaqPath RT-PCR), pour certains variants. Cette délétion s’est séquentiellement trouvée présente ou absente sur les variants qui se sont succédés, ce qui a permis de les discriminer au cours du temps.
Cette méthode a été utile pour surveiller l’apparition d’Omicron BA.2.86, puis les remplacements séquentiels de BA.1 par BA.2, BA.2 par BA.5, BA.5 par XBB et XBB par JN.1, comme on peut le voir ci-dessous (graphiques sous +INFOS).
Suivi de la mutation 346T
La mutation R:346T dans le contexte BA.5 a été décrite comme une mutation d'échappement de l'anticorps monoclonal cilgavimab, qui est un composant clé d'Evusheld®. Initialement, le dépistage de cette mutation par PCR (TIB Molbiol) permettait d’indentifier les patients pouvant bénéficier de l’ Evusheld®. R346T est rapidement devenu présent dans presque tous les variants en circulation, et le dépistage de cette mutation a été arrêté en janvier 2023. Cette mutation a de nouveau disparu lorsque JN.1 a remplacé les variants précédents.
Récemment (mars 2024), cette mutation est apparue dans les sous-lignées JN.1 (en particulier KP.2) avec une fréquence croissante, et le test PCR est prêt à être réimplémenté si cela est jugé nécessaire.
