Les HUG sur le front d’Omicron

Alors que le variant Delta reste dominant, un nouveau variant baptisé Omicron (B.1.1.529) a été mis en évidence début novembre et a été classé « variant préoccupant » par l’Organisation mondiale de la santé. 

A Genève, le Centre national de référence pour les infections virales émergentes (CRIVE), le Centre des maladies virales émergentes, les HUG et le Service du médecin cantonal ont immédiatement instauré une détection rapide des échantillons des personnes infectées revenant des zones à risque.  Par ailleurs, un système de recherche d’une mutation (une délétion) présente sur le variant Omicron a été mis en place sur des prélèvements positifs des échantillons testés au laboratoire de virologie des HUG afin de servir de système « sentinelle » pour le canton de Genève. Les prélèvements positifs dont le génome viral contient la mutation suspecte du variant Omicron sont ensuite confirmés ou infirmés par une analyse supplémentaire (séquençage). Cette surveillance s’inscrit dans le cadre du programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2 piloté par le Centre des maladies virales émergentes.

Ce variant Omicron présente de très nombreuses mutations le long du génome, plus de 30 sur le gène qui code pour la protéine Spike, dont 10 sur le site de liaison du virus à son récepteur (RBD). A l’endroit où il a été mis en évidence, il est associé à une nette augmentation du nombre de cas.

Les premiers résultats ont montré que les tests PCR ainsi que les tests rapides restent efficaces. En revanche, il est encore trop tôt pour savoir, notamment, s’il possède la capacité de remplacer le variant Delta qui prédomine en Suisse et dans le monde, ainsi que sa transmissibilité. Par ailleurs, l’effet cumulé des mutations sur l’efficacité des vaccins, de certains traitements ou sur le risque de réinfection est aussi en cours d’étude. 

En Suisse, ce variant a été détecté de manière très sporadique chez des voyageurs. Il n’y a pas de circulation large dans la communauté à l’heure actuelle. L’évolution de la situation est surveillée de très près.