Le SMI-R est responsable de l'organisation des consultations spécialisées pour l'ensemble de l'hôpital des Trois-Chêne. De nombreuses spécialités sont représentées afin de proposer un avis spécialisé aux patients hospitalisés aux Trois-Chêne sans devoir recourir à un transport vers le site de Cluse Roseraie. La fréquence des consultations est adaptée aux besoins de l'hôpital des Trois-Chêne. Ces consultations concernent par exemple la cardiologie, l'angiologie, la gastro-entérologie et hépatologie, la pneumologie, la neurologie etc.
Une salle d'intervention gérée par les consultations et examens permet la réalisation de certains gestes techniques (différentes ponctions, drainages, biopsies ou pose de cathéters veineux centraux).
Des consultations plus spécifiques à la gériatrie sont aussi disponibles.