La traque du génome des variants du SARS-CoV-2 se poursuit en Suisse

Le programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2 introduit en mai 2021 par l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) est prolongé jusqu’au 31 décembre 2022, avec une option pour 2023. Il est coordonné par le Centre des maladies virales émergentes et le Centre national de référence pour les infections virales émergentes (CRIVE), intégré au Laboratoire de virologie des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et à la Faculté de médecine de l’Université de Genève (UNIGE). En collaboration étroite avec les HUG, le Health 2030 Genome Center (Genome Center), créé pour promouvoir la médecine génomique en Suisse, assurera la majorité des séquençages. Environ 500 séquençages par semaine de nouvelles infections au SARS-CoV-2 seront réalisés pour soutenir la stratégie de santé publique suisse.

Le programme national de surveillance génomique du SARS-Cov-2 déployé depuis le printemps 2021 s’est avéré essentiel pour suivre la prévalence du COVID-19 au sein de la population ainsi que pour identifier les souches virales résistantes à l’immunité. Le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de la maladie COVID-19 reste en constante évolution. Des mutations apparaissent continuellement sur son génome pour donner naissance à différents variants, ce qui peut avoir un impact sur la contagiosité du virus et lui permettre, par exemple, d’échapper à l’immunité acquise par la vaccination ou par une infection préalable. Ces mutations peuvent aussi modifier la vitesse de propagation du virus, changer sa pathogénicité ou entraîner des résistances aux traitements existants. Ce programme de veille a permis d’instaurer en Suisse une stratégie de santé publique dynamique et adaptée.

Coordonné par le Centre des maladies virales émergentes et le CRIVE, en collaboration avec de multiples partenaires et laboratoires suisses et financés par l’OFSP, ce programme national de surveillance implique très fortement le Genome Center qui réunit les Universités et les hôpitaux universitaires de Berne, Genève et Lausanne (UNIBE, UNIGE, UNIL, InselSpital, HUG, CHUV) et l’École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL). Il assurera plus de la moitié des séquençages du SARS-CoV-2, le reste étant confié au Département des sciences et de l’ingénierie des biosystèmes (D-BSSE), structure bâloise de l’École polytechnique fédérale de Zurich. Si une douzaine de laboratoires et plateformes a assuré le séquençage de plus de 100 000 génomes du SARS-CoV-2 — près d’un tiers par le Genome Center — du 1er mars 2021 au 31 mars 2022, le mandat d’identification des séquences virales est désormais confié uniquement à ces deux entités.

Permettre une identification rapide des variants

La deuxième phase du programme permettra de séquencer 500 échantillons de SARS-CoV-2 par semaine, en se focalisant davantage sur les patients et patientes hospitalisés. Cette analyse hebdomadaire doit permettre une identification rapide des variants et particulièrement de ceux considérés comme préoccupants par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Les séquences virales seront partagées sur les plateformes GISAID et la plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP) développée par l’Institut suisse de bio-informatique (SIB), alors que Nextstrain analysera et criblera les variants.

En première ligne dans la lutte contre le COVID-19

La coordination de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 en Suisse est assurée par le Centre des maladies virales émergentes des HUG et de l’Université de Genève, en étroite collaboration avec le Health 2030 Genome Center. Créé bien avant la pandémie, il est en première ligne dans la lutte contre le COVID-19, la grippe et d’autres virus émergents. Pour le Pr Laurent Kaiser, chef du Département de médecine et médecin-chef du Service des maladies infectieuses des HUG, « l’arc lémanique offre des solutions uniques pour répondre aux défis des virus émergents. Seule une collaboration étroite entre nos différentes expertises et institutions nous permettra de mieux répondre à la pandémie de Covid-19, mais également à tous les autres virus qui sont des menaces pour la sécurité sanitaire mondiale. »

Plateforme de pointe

La poursuite de ce programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2 affirme le Genome Center comme plateforme de séquençage de pointe en Suisse. « Le centre est équipé des séquenceurs d’ADN et d’ARN les plus performants et de l’expertise nécessaire pour traiter de grandes quantités d’échantillons. Il peut générer des données de haute qualité en très peu de temps, un prérequis pour ce programme d’envergure et ses milliers d’échantillons », précise Marc Friedli, gestionnaire du programme Health 2030 abritant le Genome Center.

Par ailleurs, le Genome Center a reçu en mai 2021 la certification ISO 15189:2013 de la Société suisse d’accréditation pour les tests de séquençage du génome humain, de l’exome et du transcriptome. « Cette accréditation, unique en Suisse pour une plateforme de séquençage à but non lucratif, a également joué un rôle majeur auprès de l’OFSP pour l’attribution de ce mandat de séquençage », souligne Marc Friedli. « Même si elle n’est pas essentielle pour un programme de surveillance d’ARN viral, elle nous permet de réaliser des analyses sur des échantillons d’ADN et d’ARN humains en provenance des hôpitaux et des cliniques en respectant les normes ISO, un gage indéniable de qualité. »