Conformément à la décentralisation, chaque département est dirigé par un chef de département, assisté par un comité de gestion. Son rôle est de veiller à la bonne application dans le département et ses services :
- des dispositions légales et réglementaires
- des décisions du Conseil d’Etat et du conseil d’administration
- des décisions du comité de direction et de la direction générale.
Dans le cadre des ressources qui lui sont accordées, chaque comité de gestion
- adopte le projet de budget des recettes et des dépenses de son département et ses services
- s’assure de la bonne exécution du budget voté
- supervise la conduite de projets particuliers
- adopte le rapport d’activités et les comptes.
En 2017, chaque comité de gestion s’est réuni une dizaine de fois ; ils ont été présidés par
- Pre Anne-Françoise Allaz, cheffe du département de médecine interne, de réhabilitation et de gériatrie (10 séances)
- Pr Jean-Michel Aubry, chef du département de santé mentale et de psychiatrie (12 séances)
- Pr Christoph Becker, chef du département d’imagerie et des sciences de l’information médicale (8 séances)
- Pr Dominique Belli, chef du département de l’enfant et de l’adolescent jusqu’à fin septembre
- 2017, puis le Pr Alain Gervaix dès octobre 2017 (10 séances)
- Pr Pierre-Yves Dietrich, chef du département d'oncologie (10 séances)
- Pr Jean-Michel Gaspoz, chef du département de médecine communautaire, de premier recours et des urgences (9 séances)
- Didier Gevaux, directeur du département d’exploitation (11 séances)
- Pr Denis Hochstrasser, chef du département de médecine génétique, de laboratoire et de pathologie jusqu’à fin novembre 2017, puis Pre Laura Rubbia-Brandt dès décembre 2017 (5 séances)
- Pr Olivier Irion, chef du département de gynécologie et d’obstétrique jusqu’à fin septembre 2017, puis Pr Patrick Petignat dès octobre 2017 (10 séances)
- Pr Pierre-Yves Martin, chef du département des spécialités de médecine (8 séances)
- Pr Philippe Morel, chef du département de chirurgie (9 séances)
- Pr Armin Schnider, chef du département des neurosciences cliniques (9 séances)
- Pr Martin Tramèr, chef du département d’anesthésiologie, de pharmacologie et des soins intensifs (10 séances)
- Dr Gilbert Zulian, chef du département de réadaptation et de médecine palliative (10 séances).