Cyrille Duret a commencé sa carrière aux HUG en 2002 dans l'unité d'imagerie numérique au sein du département de radiologie.
Cette unité s'occupait de l'intégration des différents systèmes d'information dans le département et notamment de la gestion du système d'archivage des images.
Il a rejoint le Pr Lovis lors de la création du service des sciences de l'information médicale en qualité d'ingénieur de recherche.
Il soutient depuis les développements informatiques pour le laboratoire, notamment dans le domaine des bases de données et des standards pour la recherche comme OMOP et SNOMED CT.